Cette commission émet, à la demande du ministre de l'agriculture, des avis sur l'opportunité des aides financières aux maîtres d'oeuvre des programmes, sur les modalités de leur attribution et du contrôle de leur mise en oeuvre.

Dans ce but, elle effectue une étude de faisabilité des programmes présentés ; elle s'appuie pour cela sur l'examen des programmes complets comprenant l'état des connaissances et la nature des travaux en cours avant la définition du programme, les objectifs poursuivis, les méthodes dont la mise en oeuvre est envisagée, les moyens mobilisés quelle que soit l'origine de leur financement (celui-ci devant être précisé), les outils de pilotage, de contrôle et d'évaluation qui permettront d'en adapter le déroulement à l'évolution des résultats.