Le conseil d'administration élit au scrutin uninominal majoritaire à deux tours et pour un mandat de trois ans renouvelable un président parmi les personnalités extérieures membres du conseil. Un vice-président est désigné dans les mêmes conditions. Il assure la présidence en cas d'empêchement temporaire du président.

Le président veille à l'accomplissement par le centre de ses missions et, en particulier, au développement des liens de ce dernier avec les établissements et organismes intervenant dans ses domaines d'activité.

Le recteur de l'académie ou son représentant, le directeur, le secrétaire général, les directeurs adjoints, l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative.

Le président du conseil d'administration peut inviter à assister aux séances du conseil, avec voix consultative, toute personne dont la présence lui paraît utile.