Le directeur de l'Ecole nationale supérieure des ingénieurs des études et techniques d'armement est assisté par un directeur adjoint. Un directeur scientifique l'assiste dans l'élaboration de la politique scientifique de l'école et dans l'évaluation de cette politique. Un secrétaire général est chargé de la gestion administrative de l'établissement.

Le directeur adjoint et le secrétaire général sont nommés par arrêté du ministre de la défense sur proposition du directeur de l'école. Le directeur scientifique est nommé par le directeur de l'école, après avis du conseil d'administration.

Le directeur adjoint est le suppléant du directeur. Le directeur peut en outre, sous sa responsabilité, déléguer sa signature au directeur adjoint et au secrétaire général pour accomplir, en son nom, certains actes relatifs à certaines de ses attributions.