Le président est élu au scrutin uninominal majoritaire à deux tours parmi les professeurs des universités conseillers titulaires, membres du Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche statuant en matière disciplinaire, par l'ensemble des conseillers titulaires et suppléants, membres de cette formation, enseignants-chercheurs et personnels assimilés en application du tableau annexé au décret du 7 septembre 1961 susvisé, de l'article 5 du décret du 20 janvier 1987 susvisé ou de l'article 6 du décret n° 92-70 du 16 janvier 1992 relatif au Conseil national des universités. L'élection est acquise à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour, à la majorité relative au second tour.

Le vice-président est élu dans les mêmes conditions. Il est notamment appelé à remplacer le président, en cas d'empêchement de ce dernier.