Le conseil scientifique est consulté sur les orientations des politiques de recherche, de documentation scientifique et technique, ainsi que sur la répartition des crédits de recherche et la qualification à donner aux emplois d'enseignant-chercheur et de chercheur vacants ou demandés. Il donne son avis sur les programmes de recherche et sur le contrat de l'établissement.

Il peut formuler des propositions et peut être saisi par le conseil d'administration ou le directeur de l'observatoire sur toute question relevant de la compétence de l'établissement.