Les fonds de l'université française du Pacifique sont déposés chez un comptable du Trésor ou au service des chèques postaux.

Toutefois, une fraction de ces fonds, égale au rapport entre les ressources autres que celles provenant de l'Etat ou de toute autre collectivité ou organisme lui-même tenu de déposer ses fonds au Trésor et l'ensemble des recettes, peut être placée librement sur délibération du conseil d'administration prise après avis de l'agent comptable.