La direction des affaires criminelles et des grâces comprend, outre le service du casier judiciaire national, le cabinet du directeur, le pôle d'évaluation des politiques pénales et trois sous-directions : la sous-direction de la justice pénale générale, la sous-direction de la justice pénale spécialisée et la sous-direction de la négociation et de la législation pénales.

Le directeur des affaires criminelles et des grâces est assisté par un chef de service, adjoint au directeur, notamment chargé du suivi des dossiers transversaux, de la coordination de l'aide et du soutien des juridictions, de l'animation des activités prospectives conduites par les différents services de la direction et, plus particulièrement, de la mission d'évaluation des législations et des politiques pénales.

Placé sous l'autorité du chef de service, adjoint au directeur, le pôle d'évaluation des politiques pénales normalise et exploite les données pénales relatives à l'activité judiciaire et aux condamnations.
A ce titre, il assure la conception, l'actualisation et le suivi des bases « NATINF » et « peines et mesures » au sein du système de référence du ministère de la justice. Il participe, en lien avec le secrétariat général, au développement et à la maintenance des applications informatiques pénales ainsi qu'aux travaux d'amélioration des indicateurs et des bases de données statistiques. Il élabore des dispositifs statistiques et des outils d'évaluation, pour les besoins de la direction et des juridictions.
Il diffuse la culture de l'évaluation et mène des études de fond sur la justice pénale. Il participe aux travaux de recherche du ministère de la justice et représente la direction des affaires criminelles et des grâces auprès des instances statistiques et des organismes d'études et de recherches.
Il accompagne les travaux normatifs de la direction, notamment en participant à l'élaboration des études d'impacts et en mobilisant les données statistiques nécessaires à l'évaluation des réformes projetées. Il prend part à l'élaboration des réponses aux questionnaires parlementaires et internationaux.
Il accompagne les travaux de la direction en matière de politique pénale, en évaluant l'impact des instructions générales d'action publique et leur mise en œuvre. Il analyse la réponse pénale ainsi que l'activité des parquets, et coordonne les travaux relatifs au rapport annuel du ministère public.

La sous-direction de la justice pénale générale élabore, organise et met en application les politiques pénales conduites par le ministère de la justice en tous domaines ne relevant pas de la compétence de la sous-direction de la justice pénale spécialisée.
Elle est chargée de l'animation et de la coordination de leur mise en œuvre et collabore à l'action du pôle d'évaluation des politiques pénales.
Elle assure le suivi de l'action publique.
Elle est chargée de l'application des textes relatifs à la police judiciaire ainsi que des dispositions de droit pénal et de procédure destinées à assurer le respect des libertés individuelles.
Elle conçoit la politique d'intervention du ministère public en direction des victimes d'infractions pénales, les actions relatives à la justice pénale de proximité ainsi que celles destinées à renforcer la prévention de la délinquance, et veille à leur mise en œuvre.
Elle instruit les recours en grâce.
Elle assiste les juridictions en mettant à leur disposition des outils pédagogiques et méthodologiques de nature à faciliter leur travail et en procédant, à leur demande, à toutes recherches documentaires ou jurisprudentielles, ou en émettant tout avis technique ou juridique dans les matières relevant de son domaine de compétence.
Elle est associée par la sous-direction de la négociation et de la législation pénales aux activités normatives portant sur les matières qui relèvent de son domaine de compétence.

Elle concourt au traitement, par le secrétariat général, du contentieux relatif aux actes relevant de son champ de compétence.

La sous-direction de la justice pénale spécialisée élabore, organise et met en application les politiques pénales conduites par le ministère de la justice en matière économique, financière, sociale, d'environnement et de santé publique, de crimes contre l'humanité et de crimes de guerre, de criminalité organisée et de terrorisme ainsi qu'en matière d'entraide judiciaire pénale internationale.
Elle est chargée de l'animation et de la coordination de leur mise en œuvre et collabore à l'action du pôle d'évaluation des politiques pénales.
Elle assure la coordination en matière de lutte contre la cybercriminalité.
Elle assure le suivi de l'action publique ainsi que la mise en œuvre de l'entraide judiciaire pénale internationale.
Elle assiste les juridictions en mettant à leur disposition des outils pédagogiques et méthodologiques de nature à faciliter leur travail et en procédant, à leur demande, à toutes recherches documentaires ou jurisprudentielles, ou en émettant tout avis technique ou juridique relevant de son domaine de compétence.
Elle est associée par la sous-direction de la négociation et de la législation pénales aux activités normatives portant sur les matières qui relèvent de son domaine de compétence.

Elle concourt au traitement, par le secrétariat général, du contentieux relatif aux actes relevant de son champ de compétence.

La sous-direction de la négociation et de la législation pénales élabore les projets de loi, de décret et d'arrêté en matière pénale.
Elle conduit, en associant le secrétariat général, les négociations européennes et concourt aux négociations internationales ; elle veille à la transposition dans l'ordre interne des instruments normatifs de l'Union européenne et à l'adaptation du droit national aux instruments internationaux.
Elle apporte son expertise sur les dispositions de droit pénal des projets de réforme que lui soumettent les autres directions du ministère de la justice et les autres ministères.
Elle contribue à l'activité d'aide et de soutien aux juridictions.

Elle concourt au traitement, par le secrétariat général, du contentieux relatif aux actes relevant de son champ de compétence.

Les missions et l'organisation du casier judiciaire national, service placé sous le contrôle et l'autorité du directeur des affaires criminelles et des grâces, font l'objet d'un arrêté distinct publié au Journal officiel de la République française.

Le cabinet du directeur assure, en lien avec la délégation à l'information et la communication du secrétariat général, la gestion des personnels et des moyens logistiques affectés à la direction. Il est chargé du fonctionnement des bureaux d'ordre ainsi que du suivi des questions parlementaires et des requêtes des particuliers. Il anime la politique de communication interne et externe de la direction en lien avec le secrétariat général.

Le secrétaire général et le directeur des affaires criminelles et des grâces du ministère de la justice sont chargés, chacun en ce qui le concerne, de l'exécution du présent arrêté, qui entre en vigueur à compter du 1er septembre 2015 et sera publié au Journal officiel de la République française.