Sous la responsabilité des établissements accrédités, les écoles doctorales ou les collèges doctoraux organisent la formation des doctorants et les préparent à leur activité professionnelle à l'issue de la formation doctorale. Ils regroupent des unités de recherche d'un ou de plusieurs établissements.

Une unité de recherche est rattachée à une seule école doctorale. Un rattachement à plusieurs écoles doctorales est également possible et donne lieu, le cas échéant, à la mise en place d'une convention.

Le périmètre des écoles doctorales tient compte du périmètre des regroupements prévus par l'article L. 718-2 du code de l'éducation. Une école doctorale peut, le cas échéant, associer des unités de recherche relevant d'établissements n'appartenant pas au regroupement, après avis du conseil académique ou de l'organe en tenant lieu, de la communauté d'universités ou d'établissements, ou des établissements membres du regroupement.

Dans un objectif d'attractivité, les établissements accrédités peuvent dénommer leurs écoles doctorales sous la forme qui leur paraît souhaitable pour valoriser leurs compétences scientifiques spécifiques et les rendre visibles vis-à-vis des étudiants français et étrangers.

A cette même fin, les établissements peuvent construire des programmes de formation et de recherche qui intègrent de façon coordonnée masters, formations doctorales et unités de recherche.