L'école doctorale est dirigée par un directeur assisté d'un conseil.
Le directeur de l'école doctorale est choisi, en son sein, parmi ses membres habilités à diriger des recherches, parmi les professeurs et personnels assimilés au sens de l'article 6 du décret n° 92-70 du 16 janvier 1992 relatif au Conseil national des universités et de l'article 5 du décret n° 87-31 du 20 janvier 1987 relatif au Conseil national des universités pour les disciplines de santé, ou parmi les enseignants de rang équivalent qui ne relèvent pas du ministère chargé de l'enseignement supérieur, ou parmi les personnels des établissements d'enseignement supérieur, des organismes publics de recherche et des fondations de recherche, habilités à diriger des recherches. Il est nommé pour la durée de l'accréditation. Son mandat peut être renouvelé une fois.
Lorsqu'une école doctorale relève d'un seul établissement, le directeur de l'école doctorale est nommé par le chef d'établissement après avis de la commission de la recherche du conseil académique, ou de l'instance qui en tient lieu, et du conseil de l'école doctorale.
Lorsqu'une école doctorale relève de plusieurs établissements, les chefs d'établissement désignent conjointement le directeur dans les conditions définies par la convention qui les lie, après avis des commissions de la recherche des conseils académiques, ou des instances qui en tiennent lieu, dans les établissements concernés, et du conseil de l'école doctorale.