Des commissions administratives paritaires départementales sont instituées par le directeur général de l'agence régionale de santé au nom de l'Etat. Il en confie la gestion à l'autorité investie du pouvoir de nomination d'un établissement public de santé dont le siège se trouve dans le département. Ces commissions sont compétentes à l'égard des fonctionnaires pour lesquels les commissions administratives paritaires locales ne peuvent être créées.

Lorsqu'une commission administrative paritaire locale ne peut être réunie conformément aux dispositions applicables, la commission administrative paritaire départementale est compétente.