La Société nationale des chemins de fer français est soumise en matière de gestion financière et comptable aux règles applicables aux entreprises de commerce. Elle tient sa comptabilité conformément au plan comptable général. Elle développe une comptabilité permettant notamment d'apprécier les coûts économiques réels relatifs aux missions qui lui sont confiées respectivement par l'Etat et par les collectivités territoriales. Elle dispose de la faculté de transiger et de conclure des conventions d'arbitrage.

Elle est soumise au contrôle économique, financier et technique de l'Etat dans les conditions déterminées par décrets en Conseil d'Etat.