Le directeur général, est nommé par décret, pour trois ans sur proposition du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la coopération et du développement, après avis du président de l'institut. Ses fonctions sont renouvelables.

Le directeur général assure, sous l'autorité du Président, la direction scientifique, administrative et financière de l'institut. Il gère le personnel de l'institut.

Il prépare les projets de programmes généraux de recherche avec le concours du conseil scientifique.

Sous réserve des approbations nécessaires, il représente l'institut en justice et passe tous actes, contrats ou marchés, et notamment les contrats internationaux. Il procède à toutes acquisitions, tous dépôts ou cessions de brevets ou licences.

Il est ordonnateur principal des dépenses et des recettes. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires qui peuvent déléguer leur signature.

Il assiste le président dans la préparation des délibérations du conseil d'aministration et en assure l'exécution. Il est notamment chargé de la préparation du budget.

Il peut déléguer sa signature. Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs au secrétaire général et à d'autres agents désignés pour ecercer des fonctions de responsabilité administrative ou scientifique dans l'établissement ou dans une unité, un département ou un service de l'établissement ou dans une unité commune avec d'autres organismes. Ces agents peuvent déléguer leur signature.