Les établissements d'enseignement supérieur ainsi que des organismes publics de recherche et des fondations de recherche peuvent participer à une école doctorale avec la qualité d'établissement associé en accueillant des doctorants de cette école au sein d'unités ou d'équipes de recherche reconnues à la suite de l'évaluation nationale.

Des organismes publics ou privés peuvent également être reconnus comme établissements associés à l'école doctorale et accueillir des doctorants. Ces doctorants relèvent de l'école doctorale et sont placés sous la responsabilité scientifique soit d'un directeur de thèse appartenant à cette école, soit de deux codirecteurs de thèse appartenant l'un à l'école doctorale, l'autre à l'organisme d'accueil.

Les établissements associés, sauf exception scientifiquement motivée par des coopérations de recherche structurées, sont localisés ou disposent d'une installation sur le site ou sur un site proche de l'établissement ou des établissements titulaires de l'accréditation. Ils figurent dans la demande d'accréditation.

Des établissements d'enseignement supérieur étrangers peuvent accueillir des doctorants, notamment dans le cadre de cotutelles internationales de thèses.

Les modalités de coopération entre les établissements concourant à l'école doctorale sont définies par une ou des conventions jointes à la demande d'accréditation.