La sous-direction de l'archéologie, de l'ethnologie, de l'inventaire et du système d'information comprend :

- le département recherche, méthodes et expertise ;

- le département système d'information de l'architecture et du patrimoine ;

- la mission archéologie ;

- la mission ethnologie ;

- la mission inventaire général du patrimoine culturel ;

- le Centre national d'archéologie urbaine ;

- le Centre national de la préhistoire.