Le fonctionnement financier et comptable de l'établissement est régi par le décret du 29 décembre 1962 susvisé en ce qui concerne les établissements publics à caractère industriel et commercial dotés d'un agent comptable. Un arrêté du ministre chargé du budget, pris en tant que de besoin, précise les modalités de ce fonctionnement.

L'agent comptable est nommé par arrêté du ministre chargé du budget après avis du président de l'établissement. Des agents comptables secondaires peuvent être nommés par le président du conseil d'administration avec l'agrément du ministre chargé du budget et après avis de l'agent comptable principal.