La séparation comptable entre les prestations de formation professionnelle visées au 1 à 4 de l'article L. 6313-1 du code du travail et les autres activités mises en œuvre par les organismes à activités multiples dont la formation professionnelle est effectuée soit par la tenue d'une comptabilité distincte, soit par l'isolement de ces activités dans des sous comptes déterminés, soit par l'établissement d'une comptabilité analytique. Elle permet l'établissement du bilan pédagogique et financier annuel prévu à L. 6352-11 du code du travail.
Une comptabilité distincte est une comptabilité autonome rattachée à la comptabilité, par l'intermédiaire d'un compte de liaison, des autres activités de l'organisme à activités multiples dont la formation professionnelle.
Pour satisfaire à l'obligation visée au 1er alinéa, l'organisme de formation professionnelle doit définir une première clé de répartition des charges indirectes communes à l'ensemble de ses activités qui concernent aussi bien l'immobilier, l'entretien, la maintenance, les différents flux (chauffage, eau, électricité) que les services administratifs à caractère général, mais également ceux liés au personnel. Cette clé peut être déterminée en priorité, soit en fonction des effectifs propres à chaque activité, soit des mètres carrés occupés par ces activités, soit des heures de prestations réalisées, ou, à défaut, toute autre méthode dûment justifiée et documentée.
Une deuxième clé doit être mise en œuvre, selon les dispositions des articles L. 6352-7 et L. 6352-10, afin de répartir les charges indirectes communes entre l'activité exercée au titre d'une part de la formation professionnelle continue et, d'autre part, de l'apprentissage. Cette répartition des charges indirectes est réalisée en fonction des heures de formation réalisées ou, à défaut, toute autre méthode dûment justifiée et documentée.

En application de l'article L. 6231-4 du code du travail, la tenue d'une comptabilité analytique concerne tous les organismes de formation professionnelle, publics ou privés qui réalisent à titre exclusif ou non une activité de formation par apprentissage et ce, quel que soit leur statut, leur régime d'imposition et leur chiffre d'affaires ou produits.
Cette comptabilité analytique doit permettre de retracer l'ensemble des coûts et des produits qui interviennent dans la réalisation de la formation par apprentissage.

L'organisme de formation professionnelle, quel que soit son statut, qui réalise des prestations de formation par apprentissage, met en œuvre, pour cette activité, une comptabilité analytique selon la méthode dite des coûts complets pour d'une part, établir le coût propre à cette activité et, d'autre part, déterminer par diplôme et titre préparé, le coût réel de la formation et les produits correspondants. Cette comptabilité analytique est tenue par établissement lorsque les prestations se réalisent sur des sites différents.
Tous les produits attachés à cette activité sont identifiés et répartis entre :

- les produits issus de la facturation des contrats d'apprentissage ;
- et les autres produits perçus au titre de l'apprentissage, mais également ceux correspondant aux dépenses libératoires des entreprises selon les modalités prévues au 2° de l'article L. 6241-4 et dans les conditions de l'article R. 6241-24.

Toutes les charges attachées à cette activité sont identifiées et réparties entre :

- les charges directes et indirectes réputées incorporables de par leur nature telles que définies, notamment, au II de l'article D. 6332-78 et à l'article D. 6332-83.
- et les autres charges réputées non incorporables qui sont étrangères à l'activité de formation par apprentissage. Les charges exceptionnelles sur opération de gestion ou en capital mais également financières relèvent par nature de cette catégorie.

La répartition des charges indirectes incorporables au titre de l'activité d'apprentissage s'effectue à partir d'une troisième clé correspondant aux heures de formation propre à chaque diplôme et titre préparé ou à défaut en fonction des effectifs propres à chaque typologie de formation.
Les procédures d'affectation des charges aux comptes concernant l'activité de formation par apprentissage ainsi que la détermination des clés de répartition font partie intégrante du système d'information comptable et doivent être définies de manière explicite dans la documentation interne des organismes de formation concernés ; leur mise en œuvre doit être contrôlable.

Les coûts ainsi déterminés par diplôme et titre préparé sont définis au titre d'une année civile quelle que soit la date de clôture des comptes de la structure et transmis à France compétences selon les modalités prévues dans l'annexe jointe au présent arrêté. Le cas échéant, l'organisme de formation professionnelle concerné établit un bilan comptable intermédiaire au 31 décembre de chaque année.
Lorsque la comptabilité n'est pas tenue par un comptable public, l'organisme précité doit respecter l'obligation de désigner un commissaire aux comptes en application des dispositions des articles L. 6352-8 à L. 6352-9 et dans les conditions des articles R. 6352-19 à R. 6352-21.
Sans préjudice de la sanction encourue en application de l'article L. 6351-4, est puni de l'amende prévue aux articles L. 6355-11 à L. 6355-14 ainsi que de la sanction complémentaire prévue à l'article L. 6355-23 le fait, pour un organisme de formation professionnelle qui dispense des formations par apprentissage, de ne pas respecter les obligations comptables qui lui incombent.

Le délégué général à l'emploi et à la formation professionnelle est chargé de l'exécution du présent arrêté, qui sera publié au Journal officiel de la République française.