La mise en œuvre d'une procédure de médiation peut également être mise en place par l'employeur à la demande d'un salarié. Dans ce cas, le recours à la médiation et le choix du médiateur doivent faire l'objet d'un accord entre les parties à la situation de harcèlement.

Le médiateur a pour rôle de s'informer sur l'état des relations entre les parties, de chercher à les concilier et soumettre des propositions qu'il consigne par écrit en vue de mettre fin au conflit.

Si la médiation échoue, le médiateur informe les parties des éventuelles sanctions encourues par le présumé harceleur et des garanties procédurales prévues en faveur de la victime.

Lorsqu'il l'estime nécessaire en fonction des éléments recueillis, le médiateur peut demander l'organisation d'une enquête interne.

Pour les entreprises dotées de référent harcèlement, le médiateur informe ce dernier des résultats de la médiation tout en veillant aux principes de discrétion et de confidentialité qui s'imposent.