L'établissement public est administré par un conseil d'administration composé en nombre égal de représentants de l'Etat et de personnalités qualifiées, d'une part, de représentants du Parlement ainsi que de représentants des assemblées délibérantes des collectivités locales concernées par l'activité du conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres, d'autre part.

Le président du conseil d'administration est élu par le conseil en son sein.