Dès réception du document mentionné à l'article R. 712-30 et des pièces jointes, le président de la section disciplinaire en transmet copie par lettre recommandée, avec demande d'avis de réception, à chacune des personnes poursuivies. S'il s'agit de mineurs, copie est en outre adressée aux personnes qui exercent à leur égard l'autorité parentale ou la tutelle.
Le président fait savoir aux intéressés qu'ils peuvent se faire assister d'un conseil de leur choix et qu'ils peuvent prendre connaissance du dossier pendant le déroulement de l'instruction.

Le président de la section disciplinaire désigne, pour chaque affaire, une commission d'instruction composée de deux membres mentionnés aux 1° et 2° de l'article R. 712-13, dont l'un est désigné en tant que rapporteur.
Si les poursuites concernent un professeur des universités ou un enseignant de même niveau, la commission d'instruction comprend exclusivement deux membres mentionnés au 1° de l'article R. 712-13.
Si les poursuites concernent un usager, la commission d'instruction comprend deux membres mentionnés aux 1° et 2° de l'article R. 712-14 et un représentant des usagers. Dans ce cas, l'absence d'un membre de la commission d'instruction dûment convoqué ne fait pas obstacle à la réunion de celle-ci.

La commission d'instruction instruit l'affaire par tous les moyens qu'elle juge propres à l'éclairer. Elle doit convoquer l'intéressé, qui peut se faire accompagner de son défenseur, afin d'entendre ses observations. Le président fixe un délai pour le dépôt du rapport d'instruction, qui ne doit comporter que l'exposé des faits ainsi que les observations présentées par l'autorité qui a engagé la poursuite et celles présentées par la personne déférée. Ce rapport est transmis au président dans un délai qu'il a préalablement fixé et qui ne peut être supérieur à deux mois. Toutefois, le président peut ordonner un supplément d'instruction s'il estime que l'affaire n'est pas en état d'être jugée. Le rapport et les pièces des dossiers sont tenus à la disposition de la personne déférée et de l'autorité qui a engagé les poursuites, de leur conseil et des membres de la formation appelée à juger dans le délai fixé au troisième alinéa de l'article R. 712-35.

Lorsque la poursuite concerne un étudiant en médecine, en odontologie ou en pharmacie et que les faits incriminés ont lieu à l'occasion de la participation de l'intéressé à l'activité hospitalière dans les conditions déterminées par les articles R. 6153-1 à R. 6153-91-1 du code de la santé publique, la commission d'instruction invite le chef du pôle ou, à défaut, le responsable du service, de l'unité fonctionnelle ou de toute autre structure interne à faire connaître ses observations. Sont également invités à faire connaître leurs observations le directeur de l'établissement public de santé dans lequel l'intéressé est affecté et, le cas échéant, le directeur de l'établissement public de santé où les faits se sont produits ou, à défaut, le responsable de l'entité de stage.

Dans le cas où la juridiction est saisie de nouveaux éléments, le président ordonne la réouverture de l'instruction qui se déroule selon les formes prescrites au premier alinéa du présent article.

Le président de la section disciplinaire fixe la date de la séance de jugement et convoque la formation compétente.

Le président de la section disciplinaire convoque chacune des personnes déférées devant la formation de jugement, par lettre recommandée avec demande d'avis de réception, quinze jours au moins avant la date de la séance.
La convocation mentionne le droit pour les intéressés de présenter leur défense oralement, par écrit et par le conseil de leur choix.
Elle indique les conditions de lieu et d'heure dans lesquelles les intéressés peuvent prendre ou faire prendre par leur conseil connaissance du rapport d'instruction et des pièces du dossier dix jours francs avant la date de comparution devant la formation de jugement.
En l'absence de la personne déférée, la formation de jugement apprécie, le cas échéant, les motifs invoqués pour expliquer cette absence et, si elle les juge injustifiés, continue à siéger. En cas d'absence non justifiée, la procédure est réputée contradictoire.

L'instruction et les séances des formations de jugement ne sont pas publiques.
Les formations ne peuvent valablement délibérer que si la moitié au moins des membres appelés à siéger sont présents.
La formation statuant à l'égard des usagers ne peut comprendre un nombre de représentants des usagers supérieur à celui des représentants des enseignants. Dans ce cas, les représentants des usagers présents sont appelés à siéger dans un ordre déterminé par le nombre de voix recueillies aux élections à la section disciplinaire. A égalité de voix, les usagers les plus âgés sont désignés.

Au jour fixé pour la séance de jugement, le rapporteur ou, en cas d'absence de celui-ci, un membre de la formation de jugement désigné par le président parmi les enseignants-chercheurs donne lecture du rapport. L'intéressé et, s'il en fait la demande, son conseil sont ensuite entendus dans leurs observations.
Si le président estime nécessaire d'entendre des témoins, cette audition a lieu contradictoirement en présence de l'intéressé et, éventuellement, de son conseil.
Peuvent également être entendues, à leur demande et dans les conditions fixées à l'alinéa précédent, les personnes qui ont engagé les poursuites en application de l'article R. 712-29, ou leur représentant.
La personne déférée a la parole en dernier.
Après que l'intéressé et son conseil se sont retirés, le président met l'affaire en délibéré. Seules les personnes composant la formation de jugement et le secrétaire ont accès à la salle des délibérations. Nul ne peut délibérer s'il n'a assisté à la totalité de la séance.

Les membres de la section disciplinaire et le secrétaire sont tenus de respecter le secret sur l'ensemble des opérations d'instruction et de jugement, et notamment sur les opinions exprimées lors des délibérations.

Il est tenu procès-verbal des séances de jugement. Le procès-verbal ne doit pas faire mention des opinions exprimées pendant les délibérations.

Si plusieurs sanctions sont proposées au cours des délibérations, la plus forte est mise aux voix la première.
Toutes les décisions sont prises au scrutin secret à la majorité des présents.
Si aucune sanction ne recueille la majorité des voix, la poursuite est considérée comme rejetée.
Lorsque la sanction décidée est susceptible de rendre applicable une précédente sanction assortie du sursis, la section disciplinaire se prononce sur la confusion des sanctions.

La décision doit être motivée et la sanction ne prend effet qu'à compter du jour de sa notification. Elle est signée par le président de la séance et par le secrétaire.
La décision est affichée à l'intérieur de l'établissement. La section disciplinaire peut décider que cet affichage ne comprendra pas l'identité et, le cas échéant, la date de naissance de la personne sanctionnée.
Elle est notifiée par le président de la section disciplinaire à la personne contre laquelle les poursuites ont été intentées, au président de l'université et au recteur d'académie.
La notification doit mentionner les voies de recours et les délais selon lesquels la décision peut être contestée.
La notification à l'intéressé a lieu par lettre recommandée avec demande d'avis de réception. S'il s'agit d'un mineur, notification est en outre adressée, dans la même forme, aux personnes qui exercent à son égard l'autorité parentale ou la tutelle.

Les sanctions disciplinaires prononcées à l'égard de personnels enseignants ou d'usagers sont inscrites au dossier des intéressés. Le blâme et le rappel à l'ordre pour les premiers, l'avertissement et le blâme pour les seconds sont effacés automatiquement du dossier au bout de trois ans si aucune autre sanction n'est intervenue pendant cette période.