La procédure est contradictoire. A leur demande, le comptable et l'ordonnateur ont accès au dossier.
Les débats ont lieu en audience publique. Toutefois, le président de la formation de jugement peut, à titre exceptionnel et après avis du ministère public, décider que l'audience aura lieu ou se poursuivra hors la présence du public si la sauvegarde de l'ordre public ou le respect de l'intimité des personnes ou de secrets protégés par la loi l'exige.
Le délibéré des juges est secret. Le magistrat chargé de l'instruction et le représentant du ministère public n'y assistent pas.
Conformément à l'article 52 de l'ordonnance n° 2016-1360 du 13 octobre 2016, les présentes dispositions entrent en vigueur le lendemain de la publication au Journal officiel de la République française du décret en Conseil d'Etat relatif à la partie réglementaire du code des juridictions financières, et au plus tard le 1er juillet 2017.
Conformément à l'article 184 du décret n° 2017-671 du 28 avril 2017 modifiant la partie réglementaire du code des juridictions financières, les présentes dispositions entrent en vigueur le 1er mai 2017.