Le militaire placé en congé de longue durée pour maladie perçoit la solde indiciaire, l'indemnité d'état militaire ainsi que, le cas échéant, l'indemnité de garnison des militaires, les primes et indemnités liées à la qualification ou, dans la limite des droits ouverts par l'exécution des épreuves de contrôle, aux compétences en matière de navigation aérienne et de combat parachutiste, et les indemnités différentielles liées au changement de grade.

Il perçoit en outre la totalité des indemnités de résidence et pour charge de famille.