Les établissements sont administrés par un conseil d'administration. Ils comportent un conseil scientifique, un conseil des enseignants et un conseil de l'enseignement et de la vie étudiante qui exercent des attributions consultatives. Toutefois, l'Ecole nationale supérieure du paysage de Versailles comporte seulement un conseil de l'enseignement et de la recherche et un conseil des enseignants dont la composition et les attributions sont fixées par le décret en Conseil d'Etat relatif à l'organisation de cet établissement.

Les établissements sont dirigés par un directeur assisté par un secrétaire général et, le cas échéant, par un directeur adjoint.

Ils sont organisés en départements, unités de recherche et services.

Un comité technique paritaire central et un comité d'hygiène et de sécurité sont institués dans chaque établissement.