Les instituts et les écoles faisant partie des universités sont administrés par un conseil élu et dirigés par un directeur choisi dans l'une des catégories de personnels qui ont vocation à enseigner dans l'institut ou l'école, sans condition de nationalité. Les directeurs d'école sont nommés par le ministre chargé de l'enseignement supérieur sur proposition du conseil et les directeurs d'instituts sont élus par le conseil. Leur mandat est de cinq ans renouvelable une fois.
Le conseil, dont l'effectif ne peut dépasser quarante membres, comprend de 30 à 50 % de personnalités extérieures, dont un ou plusieurs représentants des acteurs économiques ; les personnels d'enseignement et assimilés y sont en nombre au moins égal à celui des autres personnels et des étudiants. Le conseil élit pour un mandat de trois ans, au sein des personnalités extérieures celui de ses membres qui est appelé à le présider. Le mandat du président est renouvelable.
Le conseil définit le programme pédagogique et le programme de recherche de l'institut ou de l'école dans le cadre de la politique de l'établissement dont il fait partie et de la réglementation nationale en vigueur. Il donne son avis sur les contrats dont l'exécution le concerne et soumet au conseil d'administration de l'université la répartition des emplois. Il est consulté sur les recrutements.
Le directeur de l'institut ou de l'école prépare les délibérations du conseil et en assure l'exécution. Il est ordonnateur des recettes et des dépenses. Il a autorité sur l'ensemble des personnels. Aucune affectation ne peut être prononcée si le directeur de l'institut ou de l'école émet un avis défavorable motivé.
Les instituts et les écoles disposent, pour tenir compte des exigences de leur développement, de l'autonomie financière. Les ministres compétents peuvent leur affecter directement des crédits et des emplois attribués à l'université.