Les questions soumises au Conseil supérieur de la fonction publique territoriale sont soit inscrites directement à l'ordre du jour de l'assemblée plénière, soit renvoyées pour instruction à l'une des formations spécialisées. Une fois cette instruction terminée, l'affaire est portée devant l'assemblée plénière.

L'assemblée plénière du conseil supérieur peut donner délégation au bureau et aux formations spécialisées pour émettre des avis et des recommandations. Le bureau et ces formations sont alors habilitées à présenter ce avis et recommandations au ministre chargé des collectivités territoriales. Toutefois, un tiers au moins des membres présents d'une formation spécialisée ou du bureau qualité pour demander le renvoi en assemblée plénière.

Seule l'assemblée plénière du conseil supérieur peut présenter les propositions prévues au deuxième alinéa de l'article 9 de la loi du 26 janvier 1984 précitée.