Pour le remboursement des frais occasionnés par leurs déplacements en France ou à l'étranger, les agents des établissements sont soumis aux dispositions applicables aux fonctionnaires de l'Etat. Le barème prévu à l'article 7 du décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat est fixé par chaque établissement en fonction des orientations arrêtées par le comité des directeurs.

A ce titre, la totalité des remboursements est considérée comme le plafond des frais professionnels au sens de l'article L. 242-1 du code de la sécurité sociale.