L'exploitant met en place un programme de surveillance de ses rejets d'effluents permettant de démontrer, via des analyses, qu'il respecte les dispositions de l'article 13, et que les valeurs limites d'émissions fixées dans l'arrêté préfectoral d'autorisation permettent le respect, dans le milieu hors zone de mélange, des objectifs de qualité et de quantité des eaux visés au IV de l'article L. 212-1 du code de l'environnement. Ce programme et la fréquence des analyses sont établis sur la base de l'étude d'impact et détaillés dans l'arrêté préfectoral d'autorisation.
Ces dispositions peuvent être étendues aux rejets d'autres substances lorsque la nature de l'activité ou les conditions locales le rendent nécessaire.
Dans le cas où plusieurs installations rejettent leurs effluents dans une même zone, les seuils à prendre en compte devront tenir compte de l'ensemble des rejets, le point de mesures pouvant alors être commun et les mesures réalisées pour l'ensemble des installations concernées.
Lorsque le rejet s'effectue directement dans un lac, une étendue d'eau ou une zone humide, l'exploitant établit un plan de surveillance de l'environnement adapté aux conditions locales.
Pour les rejets de substances présentes dans l'installation, susceptibles de s'accumuler dans l'environnement, y compris les substances radioactives, l'exploitant réalise ou fait réaliser au moins une fois par an des prélèvements et des mesures dans les sédiments, la flore et la faune aquatiques. La fréquence et le nombre d'analyses à effectuer peuvent être adaptés par l'arrêté préfectoral d'autorisation conformément aux dispositions du II de l'article 2.
Les résultats de ces analyses sont envoyés aux inspecteurs de l'environnement, dans un délai maximum de trois mois à compter de leur réception.