Le budget de la fondation est annexé au budget de l'établissement qui abrite la fondation.

Les statuts de la fondation déterminent les modalités d'établissement du budget. Ils fixent les règles particulières d'exécution des opérations de recettes et de dépenses et les dérogations aux dispositionsdu décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique nécessaires à la conduite des activités de la fondation dans le respect de ses actes constitutifs et conformément au quatrième alinéa de l'article L. 719-12 du code de l'éducation.

Les statuts de la fondation déterminent également les conditions de création et les modalités de fonctionnement des régies de recettes et de dépenses.

L'agent comptable de l'établissement qui abrite la fondation établit un compte financier propre à la fondation. Ce compte financier est annexé au compte financier de l'établissement