Le doctorant est placé sous la responsabilité d'un directeur de thèse. La direction scientifique du projet doctoral peut être éventuellement assurée avec un codirecteur. Les codirecteurs peuvent être rattachés à des écoles doctorales distinctes. Lorsque la codirection est assurée par une personne issue d'un établissement public industriel et commercial ayant des missions de recherche, d'un établissement privé de formation ou de recherche, d'une fondation de recherche privée, d'une entreprise privée ou d'une administration, le nombre de codirecteurs peut être porté à deux.

Les fonctions de directeur ou de codirecteur de thèse peuvent être exercées :

1° Par les professeurs et personnels assimilés au sens de l'article 6 du décret n° 92-70 relatif au Conseil national des universités et de l'article 5 du décret n° 87-31 pour les disciplines de santé, ou par des enseignants de rang équivalent qui ne relèvent pas du ministère de l'enseignement supérieur participant à la recherche publique au sens de l' article L. 112-2 du code de la recherche, par les personnels des établissements d'enseignement supérieur, des organismes publics de recherche et des fondations de recherche, titulaires d'une habilitation à diriger des recherches ;

2° Par d'autres personnalités, titulaires d'un doctorat, choisies en raison de leur compétence scientifique par le chef d'établissement, sur proposition du directeur de l'école doctorale et après avis de la commission de la recherche du conseil académique ou de l'instance en tenant lieu dans l'établissement d'inscription.

La direction de la thèse peut également être assurée sous forme de codirection instaurée par convention entre un ou deux directeurs de thèse répondant aux conditions fixées ci-dessus et une personne du monde socio-économique ou culturel reconnue pour ses compétences dans le domaine. La proposition de codirection est soumise à la décision du chef de l'établissement accrédité, sur proposition du directeur de l'école doctorale. Dans ce cas, les doctorants sont placés sous la responsabilité conjointe des codirecteurs de thèse.

Le conseil de l'école doctorale fixe le nombre maximum de doctorants encadrés par un directeur de thèse en tenant compte des contraintes liées aux disciplines, notamment les disciplines rares.