La sous-direction de la justice pénale spécialisée élabore, organise et met en application les politiques pénales conduites par le ministère de la justice en matière économique, financière, sociale, d'environnement et de santé publique, de crimes contre l'humanité et de crimes de guerre, de criminalité organisée et de terrorisme ainsi qu'en matière d'entraide judiciaire pénale internationale.
Elle est chargée de l'animation et de la coordination de leur mise en œuvre et collabore à l'action du pôle d'évaluation des politiques pénales.
Elle assure la coordination en matière de lutte contre la cybercriminalité.
Elle assure le suivi de l'action publique ainsi que la mise en œuvre de l'entraide judiciaire pénale internationale.
Elle assiste les juridictions en mettant à leur disposition des outils pédagogiques et méthodologiques de nature à faciliter leur travail et en procédant, à leur demande, à toutes recherches documentaires ou jurisprudentielles, ou en émettant tout avis technique ou juridique relevant de son domaine de compétence.
Elle est associée par la sous-direction de la négociation et de la législation pénales aux activités normatives portant sur les matières qui relèvent de son domaine de compétence.

Elle concourt au traitement, par le secrétariat général, du contentieux relatif aux actes relevant de son champ de compétence.