Le compte financier 2008 de l'Agence nationale pour l'emploi est arrêté par l'agent comptable principal et approuvé par le ministre chargé de l'emploi et par le ministre chargé du budget. Ce compte est transmis à la Cour des comptes par le ministre chargé du budget.
L'institution mentionnée à l'article L. 5312-1 du code du travail est astreinte à conserver les archives et documents comptables, ainsi que les fichiers informatiques comptables et budgétaires correspondants, jusqu'au 31 décembre 2014 et à faciliter leur accès.