Le directeur de la caisse et l'agent comptable sont nommés par arrêté conjoint des ministres chargés du budget, des transports et de la sécurité sociale, parmi les personnes inscrites sur la liste d'aptitude prévue à l'article R. 123-45 du code de la sécurité sociale. Le directeur nomme un directeur adjoint qui est agréé dans les conditions prévues aux articles R. 123-49 (II et III) et R. 123-50 du code de la sécurité sociale.

Le directeur et l'agent comptable sont nommés pour un mandat de six ans.

Le directeur assure le fonctionnement de la caisse sous le contrôle du conseil d'administration. Il exécute les décisions du conseil d'administration.

Il a autorité sur le personnel et fixe l'organisation du travail dans les services. Dans le cadre des dispositions qui régissent le personnel, il prend toute décision d'ordre individuel que comporte la gestion du personnel, et notamment nomme aux emplois, règle l'avancement et prend, si besoin est, les mesures disciplinaires prévues par ces dispositions.

Il représente la caisse dans tous les actes de la vie civile et en justice. Il signe notamment pour le compte de la caisse les conventions de mise à disposition de personnel et les contrats de travail prévus à l'article 15.

Le directeur peut, sous sa responsabilité, déléguer sa signature au directeur adjoint, ou à un ou plusieurs agents de la caisse pour effectuer en son nom certains actes relatifs à ses attributions.

Sous réserve des dispositions du premier alinéa, outre les dispositions du livre Ier du code de la sécurité sociale, sont applicables celles du chapitre III du titre V du livre II du même code, en tant qu'elles concernent l'agent comptable de la caisse de prévoyance et de retraite du personnel de la Société nationale des chemins de fer français.

L'agent comptable doit refuser de déférer à l'ordre de réquisition lorsque la suspension de paiement est motivée par l'opposition d'un ou plusieurs ministres à la décision du conseil d'administration.