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Les ressources du Fonds de compensation pour la taxe sur la valeur ajoutée des collectivités territoriales comprennent les dotations ouvertes chaque année par la loi et destinées à permettre progressivement le remboursement intégral de la taxe sur la valeur ajoutée acquittée par les collectivités territoriales et leurs groupements sur leurs dépenses réelles d'investissement ainsi que sur leurs dépenses d'entretien des bâtiments publics et de la voirie payées à compter du 1er janvier 2016 et sur leurs dépenses d'entretien des réseaux payées à compter du 1er janvier 2020.

En cas d'annulation d'un marché public par le juge, les dépenses réelles d'investissement des collectivités territoriales et de leurs groupements, concernées par l'annulation, ouvrent droit au remboursement de la taxe sur la valeur ajoutée acquittée, par le Fonds de compensation pour la taxe sur la valeur ajoutée, même si ayant le caractère d'une indemnité elles sont inscrites à la section de fonctionnement d'un compte administratif.