L'Etablissement public de sécurité ferroviaire est indépendant, dans son organisation, sa structure juridique et sa prise de décisions, des entreprises ferroviaires, des gestionnaires de l'infrastructure, des entités en charge de l'entretien, des demandeurs ou des entités adjudicatrices et des personnes morales de droit public qui attribuent des contrats de service public relatifs à des services de transport ferroviaire de voyageurs.