Les représentants des salariés sont désignés par les organisations syndicales de salariés représentatives au niveau national et interprofessionnel.

Les représentants des employeurs sont désignés par les entreprises adhérentes après avis des organisations professionnelles d'employeurs représentatives au plan national interprofessionnel ou professionnel.

La répartition des sièges pour les représentants des employeurs et les représentants des salariés fait l'objet respectivement d'un accord entre le président du service de santé au travail et les organisations professionnelles d'employeurs représentatives au plan national interprofessionnel ou professionnel et d'un accord, valide au sens de l'article L. 2232-2, entre le président du service de santé au travail et les organisations syndicales de salariés représentatives au niveau national et interprofessionnel intéressées.

La fonction de trésorier du conseil d'administration est incompatible avec celle de président de la commission de contrôle.