Le paiement de l'indemnité est effectué par le régisseur d'avances au vu de la décision de la juridiction.

Lorsque la décision met l'indemnité à la charge de la partie civile, l'indemnité est payée par le régisseur à titre d'avance faite par le Trésor public. Le recouvrement du montant de l'indemnité auprès de la partie civile est poursuivi à la diligence des comptables du Trésor par toutes voies de droit.