Les règles et prescriptions prévues par le 3° du II de l'article L. 211-2, les 2° et 3° du II de l'article L. 211-3 et les mesures prévues par l'article L. 211-9 applicables aux installations, ouvrages, travaux et activités soumis à autorisation ou à déclaration par les articles L. 214-1 à L. 214-6 sont édictées dans les conditions déterminées par la présente sous-section.

La présente sous-section ne s'applique pas :

1° Aux concessions hydrauliques régies par le livre V du code de l'énergie ;

2° Aux mines et industries extractives dont le règlement général est fixé par le décret n° 80-331 du 7 mai 1980 portant règlement général des industries extractives ;

3° Aux rejets d'effluents liquides et aux prélèvements d'eau des installations nucléaires de base régis par le chapitre III du titre IX du livre V du présent code ;

4° Aux titres miniers et aux titres de stockage souterrain régis par le décret n° 2006-648 du 2 juin 2006 ;

5° A la collecte et au traitement des eaux usées régis par le présent chapitre et la section 2 du chapitre IV du titre II du livre II de la deuxième partie du code général des collectivités territoriales.

I.-Les règles et prescriptions techniques applicables aux opérations régies à la fois par les articles L. 214-1 à L. 214-6 et par l'un des textes ci-dessous énumérés sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé de l'environnement et du ministre compétent pour le texte concerné :

1° Les titres II et III du livre Ier du code rural et de la pêche maritime relatifs à l'aménagement foncier rural et aux associations foncières ;

2° Le livre III de la cinquième partie du code des transports, relatif aux ports maritimes ;

3° La section 2 du chapitre IV du titre II du livre Ier de la deuxième partie du code général de la propriété des personnes publiques, pour les opérations d'infrastructure d'un coût supérieur à 1 900 000 euros et relatives au domaine public fluvial affecté à la navigation au sens de l'article 2 du décret n° 79-460 du 11 juin 1979 portant transfert d'attributions du ministre chargé des transports au ministre chargé de l'environnement ;

4° La section 1 du chapitre II du titre II du livre III de la première partie du code de la santé publique relative à l'autorisation de livrer au public l'eau minérale d'une source ;

5° La section 1 du chapitre Ier du titre II du livre III de la première partie du code de la santé publique relative aux eaux destinées à la consommation humaine, à l'exclusion des eaux minérales naturelles.

II.-Les autres règles et prescriptions techniques sont fixées par arrêté du ministre chargé de l'environnement.

Les arrêtés mentionnés à l'article R. 211-3 sont pris après avis de la mission interministérielle de l'eau et du Comité national de l'eau.

Les arrêtés mentionnés à l'article R. 211-3 définissent les règles et les prescriptions techniques nécessaires à la réalisation des objectifs fixés à l'article L. 211-1. Ces règles et prescriptions peuvent porter sur les conditions d'implantation et de réalisation ou d'exécution, d'aménagement et d'exploitation des travaux, ouvrages ou installations, ou d'exercice des activités mentionnés aux articles L. 214-1 à L. 214-6, compte tenu, s'il y a lieu, des variations saisonnières et climatiques, et sur les moyens d'analyse, de surveillance et de suivi des opérations et de leurs effets sur le milieu aquatique.

Les règles et prescriptions techniques définies par les arrêtés mentionnés à l'article R. 211-3 sont fixées dans les conditions suivantes :

1° Pour le choix de l'implantation de l'installation ou de l'ouvrage, elles peuvent porter sur :

a) La situation et l'éloignement par rapport à certaines installations, ouvrages ou activités ou par rapport à certains éléments du milieu aquatique ;

b) Les mesures permettant d'assurer la protection des eaux, notamment de celles qui sont destinées à la consommation humaine et des eaux minérales ;

c) Les restrictions ou les interdictions nécessaires à la protection du milieu aquatique et à la sécurité publique, notamment dans les zones à risques et les zones d'expansion des crues ;

d) Les conditions nécessaires à la préservation des écosystèmes aquatiques, des zones humides ainsi que des frayères et des zones de croissance ou d'alimentation de la faune piscicole.

2° Pour la réalisation de l'installation, de l'ouvrage ou des travaux, pour leur exploitation ou pour l'exercice de l'activité, ces règles et prescriptions techniques peuvent porter sur les conditions permettant d'éviter ou d'atténuer les atteintes au milieu aquatique, les nuisances, les risques liés à l'écoulement des eaux et les conflits d'usage. En outre, elles peuvent :

a) Prévoir les mesures compensatoires adéquates ;

b) Assurer à l'aval des ouvrages le débit minimal permettant de garantir en permanence la vie, la circulation et la reproduction des espèces piscicoles ;

c) Définir, pour les plans d'eau, les conditions favorables à la reproduction de certaines espèces piscicoles et les conditions de maîtrise des sédiments nécessaires pour éviter les pollutions à l'aval ;

d) Fixer les valeurs limites tenant compte notamment de la sensibilité du milieu aquatique et des objectifs de qualité ;

e) Définir les aménagements et les modes d'exploitation de nature à éviter le gaspillage de la ressource en eau ;

f) Prévenir les inondations et les pollutions accidentelles.

3° Pour le suivi de l'installation, de l'ouvrage, du travail ou de l'activité, elles peuvent :

a) Prévoir les aménagements nécessaires à l'accès et à la surveillance des opérations ;

b) Définir un protocole d'analyse ou de surveillance pour certaines opérations ;

c) Fixer les modalités d'entretien et de maintenance appropriées et, en cas de cessation définitive de l'activité, les modalités de remise en état des lieux ;

d) Définir les obligations de communication périodique de tout ou partie des éléments précédents.

Lorsque les arrêtés mentionnés à l'article R. 211-3 fixent des règles et prescriptions techniques applicables aux installations, ouvrages, travaux ou activités soumis au régime de l'autorisation au titre des dispositions législatives du présent titre, ils précisent si et dans quelles conditions, notamment de délais, ils sont applicables aux installations, ouvrages, travaux et activités existants et légalement réalisés ou exercées. Ils ne peuvent avoir pour effet de rendre obligatoires des modifications importantes du gros oeuvre des ouvrages ou installations.

Lorsque les arrêtés mentionnés à l'article R. 211-3 fixent des règles et prescriptions techniques applicables aux installations, ouvrages, travaux ou activités soumis au régime de la déclaration en application des articles L. 214-1 à L. 214-6, ils ne sont pas applicables aux installations, ouvrages, travaux et activités existants et légalement réalisés ou exercées.

Pour assurer la mise en oeuvre du programme de mesures prévu par l'article L. 212-2-1, le préfet coordonnateur de bassin peut, après avis de la commission administrative de bassin et du comité de bassin, imposer pour tout ou partie du bassin des règles et prescriptions techniques plus sévères que celles fixées par arrêtés ministériels ou interministériels en application de l'article R. 211-3.