I. – Un arrêté du ministre chargé de l'environnement fixe la liste des actions contractuelles éligibles à une contrepartie financière de la ou des autorités compétentes pour la gestion des fonds nationaux ou européens. Le cas échéant, un arrêté, pour les sites exclusivement terrestres, du président du conseil régional ou, en Corse, du conseil exécutif ou, pour les autres sites, du préfet de région précise cette liste compte tenu, notamment, des spécificités locales, des objectifs de conservation prioritaires et d'une allocation optimale des moyens. Cet arrêté établit également, en tant que de besoin, les barèmes de subvention applicables aux contrats Natura 2000.

II. – Le contrat Natura 2000 est conclu pour une durée maximal de cinq ans entre la ou les autorités compétentes pour la gestion des fonds nationaux ou européens, signataires du contrat, et, selon le cas, soit le titulaire de droits réels ou personnels portant sur des parcelles incluses dans le site, soit le professionnel ou l'utilisateur des espaces marins situés dans le site. Lorsque le contrat porte en tout ou partie sur des terrains relevant du ministère de la défense, il est contresigné par le commandant de la zone terre.

La ou les autorités compétentes pour la gestion des fonds nationaux et européens sont chargées de l'exécution des clauses financières du contrat.

III. – Dans le respect des cahiers des charges figurant dans le document d'objectifs mentionné à l'article R. 414-9, le contrat Natura 2000 comprend notamment :

1° Le descriptif des opérations à effectuer pour mettre en œuvre et atteindre les objectifs de conservation ou, s'il y a lieu, de restauration définis dans le document d'objectifs, avec l'indication des travaux et prestations d'entretien ou de restauration des habitats naturels, des espèces et de leurs habitats et la délimitation des espaces auxquels ils s'appliquent ;

2° Le descriptif des engagements qui donnent lieu au versement d'une contrepartie financière ainsi que le montant, la durée et les modalités de versement de cette contrepartie ;

3° Les points de contrôle et les justificatifs à produire permettant de vérifier le respect des engagements contractuels.

Une convention passée entre la ou les autorités compétentes pour la gestion des fonds nationaux ou européens et l'organisme payeur régit les conditions dans lesquelles cet organisme payeur verse les sommes accordées par les autorités de gestion de fonds au titre de l'élaboration des documents d'objectifs, de la mise en œuvre des documents d'objectifs et des contrats Natura 2000.

L'organisme payeur rend compte de cette activité à l'autorité de gestion de fonds, au ministre chargé de l'environnement et au ministre chargé de l'agriculture dans les conditions prévues à l'article D. 313-14 du code rural et de la pêche maritime, ainsi qu'au ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture.

Le représentant de la ou des autorités compétentes pour la gestion des fonds nationaux ou européens, signataires du contrat, conjointement avec le commandant de la zone terre pour ce qui concerne les terrains relevant du ministère de la défense, s'assurent du respect des engagements souscrits dans le cadre des contrats Natura 2000.

A cet effet, des contrôles sur pièces sont menés par les services de ces autorités gestionnaires de fonds ou l'organisme payeur. Ceux-ci peuvent, après en avoir avisé au préalable le titulaire du contrat, vérifier sur place le respect des engagements souscrits.

Lorsque le titulaire d'un contrat Natura 2000 s'oppose à un contrôle réalisé en application de l'article R. 414-15, lorsqu'il ne se conforme pas à l'un des engagements souscrits ou s'il fait une fausse déclaration, la ou les autorités compétentes pour la gestion des fonds nationaux ou européens signataires du contrat suspendent, réduisent ou suppriment en tout ou partie l'attribution des aides prévues au contrat. Ces dernières peuvent en outre résilier le contrat.

Lorsque tout ou partie d'un terrain sur lequel porte un contrat Natura 2000 fait l'objet d'une cession ou lorsque le titulaire d'une concession portant autorisation d'exploitation de cultures marines vient à changer, l'acquéreur ou le nouveau concessionnaire peuvent s'engager à poursuivre les engagements souscrits.

Dans ce cas, les engagements souscrits sont transférés à l'acquéreur ou au nouveau concessionnaire et donnent lieu à un avenant qui prend en compte le changement de cocontractant.

A défaut de transfert, le contrat est résilié de plein droit et la ou les autorités compétentes pour la gestion des fonds nationaux ou européens signataires du contrat statuent sur le remboursement des sommes perçues par le cédant ou l'ancien concessionnaire.

Les dispositions du présent paragraphe ne sont pas applicables aux contrats Natura 2000 qui prennent la forme de contrats portant sur des engagements agroenvironnementaux. Ces contrats doivent néanmoins comporter, dans le respect des cahiers des charges figurant dans le document d'objectifs, des engagements propres à atteindre les objectifs de conservation poursuivis sur le site.