Les comptes de l'institut sont arrêtés le 31 décembre de chaque année et approuvés par le conseil de surveillance.

Il est prélevé sur le bénéfice de l'institut 15 % à titre de réserve statutaire jusqu'à ce que celle-ci atteigne la moitié de la dotation en capital.

Après dotation aux autres réserves, le solde du bénéfice est versé au Trésor. Il en est de même de la contre-valeur des billets et pièces adirés.

Le contrôle des opérations de l'institut est assuré par un collège de censeurs composé du commissaire du Gouvernement de l'Agence française de développement et d'un représentant de la Banque de France. Les censeurs assistent aux séances du conseil de surveillance. Le collège des censeurs présente annuellement un rapport au conseil de surveillance.

Les opérations de l'institut peuvent également être vérifiées par les agents de la Banque de France sur la demande du président du conseil de surveillance ou du directeur général.