Sous réserve des dispositions des articles R. 421-109 à R. 421-128, les lycées professionnels maritimes érigés en établissements publics locaux d'enseignement sont soumis au régime financier résultant des dispositions de l'article 60 de la loi n° 63-156 du 23 février 1963 de finances pour 1963 et du titre Ier du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le budget des lycées professionnels maritimes, qui comprend une section de fonctionnement et une section d'investissement, est établi dans la limite des ressources des établissements, dans le respect de la nomenclature fixée conjointement par le ministre chargé du budget, le ministre de l'intérieur et le ministre chargé de la mer et en fonction des orientations fixées par la collectivité territoriale de rattachement.
Ces ressources comprennent notamment :
1° Des subventions de la collectivité de rattachement et de l'Etat, versées en application des articles L. 211-8, L. 213-2, L. 214-6, L. 216-4 à L. 216-6 et L. 421-11 ;
2° Toute autre contribution d'une collectivité publique ou privée ;
3° Des ressources propres, notamment les dons et legs, les ressources provenant des prestations de restauration et d'hébergement et, d'une manière générale, toute contribution des élèves, les produits de la vente des objets confectionnés dans les ateliers, la taxe d'apprentissage, les conventions de formation professionnelle et les conventions d'occupation des logements et locaux.
Les dépenses de la section de fonctionnement prévues au budget pour le service général ont notamment pour objet les activités pédagogiques et éducatives, le chauffage et l'éclairage, l'entretien des matériels et des locaux, les charges générales, les missions de restauration et d'hébergement, les aides aux élèves ainsi que les dépenses de personnel à la charge de l'établissement.
En outre, des services spéciaux permettent de distinguer notamment la formation continue, les activités périscolaires et parascolaires.
Le budget des lycées professionnels maritimes comporte en annexe un état récapitulatif faisant apparaître les emplois dont l'établissement dispose à quelque titre que ce soit.

Le projet de budget est préparé par le chef d'établissement. Il doit être soumis au vote du conseil d'administration et adopté en équilibre réel dans le délai de trente jours suivant la notification de la participation de la collectivité territoriale de rattachement. Il est transmis à la collectivité de rattachement ainsi qu'au directeur interrégional de la mer dans les cinq jours suivant le vote. Il devient exécutoire dans un délai de trente jours à compter de la dernière date de réception par les autorités mentionnées ci-dessus, sauf si la collectivité de rattachement ou le directeur interrégional de la mer a fait connaître son désaccord motivé sur le budget. Dans ce cas ou lorsque le budget n'est pas adopté dans les trente jours suivant la notification de la participation de la collectivité de rattachement, il est fait application de la procédure prévue aux paragraphes e et f de l'article L. 421-11.

Le budget est transmis à l'agent comptable dès qu'il est adopté ou réglé.

Les modifications apportées au budget initial en cours d'exercice sont adoptées et deviennent exécutoires dans les mêmes conditions que le budget.
Par exception aux dispositions du premier alinéa, le chef d'établissement inscrit au budget les augmentations de crédits provenant de ressources affectées. Le chef d'établissement peut également, à charge d'en rendre compte au conseil d'administration, procéder à tout virement à l'intérieur d'un chapitre.

Lorsqu'il est fait application des dispositions combinées de l'article L. 1612-1 du code général des collectivités territoriales et du II de l'article L. 421-13 du présent code, il peut, en cas de nécessité, être tenu compte, après accord de la collectivité territoriale de rattachement et du directeur interrégional de la mer, de l'incidence des mesures prises au titre de la dernière rentrée scolaire pour la détermination des limites d'engagement des dépenses.

Les fonctions d'agent comptable sont confiées soit à un agent des services déconcentrés de la direction générale des finances publiques, soit à un fonctionnaire du ministère chargé de la mer.

Un même agent comptable peut se voir confier les postes comptables de plusieurs établissements publics locaux d'enseignement ou d'un établissement public national et d'un ou de plusieurs établissements publics locaux d'enseignement.

Les agents comptables sont nommés par le préfet de région après information préalable de la collectivité territoriale de rattachement et pour les agents des services déconcentrés de la direction générale des finances publiques, sur proposition du directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques territorialement compétent. Ils prêtent serment dans les conditions fixées à l'article 14-1 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

L'agent comptable tient la comptabilité générale dans les conditions définies par le plan comptable applicable à l'établissement, approuvé par arrêté interministériel pris après avis de l'Autorité des normes comptables.

Lorsque l'agent comptable ne peut tenir lui-même la comptabilité matière, il en exerce le contrôle. Les instructions données à ce sujet au préposé doivent avoir recueilli l'accord de l'agent comptable qui demande qu'il soit procédé à l'inventaire annuel des stocks.

En cas de perte, destruction ou vol des justifications remises à l'agent comptable, le chef d'établissement pourvoit à leur remplacement en établissant un certificat.

Lorsqu'il est fait application des dispositions combinées de l'article L. 1617-3 du code général des collectivités territoriales et de l'article L. 233-1 du code des juridictions financières, et que l'agent comptable a été requis de payer par le chef d'établissement, celui-ci en rend compte à la collectivité territoriale de rattachement, au directeur interrégional de la mer et au conseil d'administration. L'agent comptable en rend compte au directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques qui transmet l'ordre de réquisition à la chambre régionale des comptes.

Les recettes de l'établissement sont liquidées par l'ordonnateur sur les bases fixées par la loi, les règlements, les décisions de justice et les conventions.

Les produits attribués à l'établissement avec une destination déterminée, les subventions des organismes publics et privés, les dons et legs doivent conserver leur affectation.

Toutefois, la réduction ou la modification de l'affectation des charges résultant de dons et legs peut être prononcée dans les conditions prévues par le code du domaine de l'Etat, les lois et règlements.

Dans les mêmes conditions, la périodicité des attributions prévues par le disposant en une seule attribution des revenus provenant de libéralités assorties de charges analogues peut être autorisée.

Les ordres de recettes sont établis par l'ordonnateur et remis à l'agent comptable qui les prend en charge et les notifie aux débiteurs.
Tous les droits acquis au cours d'un exercice doivent faire l'objet d'un ordre de recette au titre de cet exercice.
Les ordonnateurs sont autorisés, dans les conditions et limites fixées par arrêté du ministre chargé du budget, à ne pas émettre les ordres de recettes correspondant aux créances dont le montant initial en principal est inférieur à un minimum fixé par décret.

Les créances de l'établissement qui n'ont pu être recouvrées à l'amiable font l'objet d'états rendus exécutoires par l'ordonnateur.
Les états exécutoires peuvent être notifiés aux débiteurs par lettre recommandée avec accusé de réception. Leur recouvrement est poursuivi jusqu'à opposition devant la juridiction compétente.
L'agent comptable procède aux poursuites. Celles-ci peuvent à tout moment être suspendues sur ordre écrit de l'ordonnateur si la créance est l'objet d'un litige.

Les créances de l'établissement peuvent faire l'objet :
1° Soit d'une remise gracieuse, en cas de gêne des débiteurs ;
2° Soit d'une admission en non-valeur en cas d'insolvabilité des débiteurs.
La décision de remise est prise après avis conforme de l'agent comptable, sauf lorsqu'elle concerne une dette de l'agent comptable, par le conseil d'administration ou par l'ordonnateur, dans le cas où la créance est inférieure à un seuil fixé par le conseil d'administration.

Les régisseurs de recette et d'avance sont nommés par le chef d'établissement avec l'agrément de l'agent comptable.

L'ordonnateur de l'établissement et ses délégués ont seuls qualité pour procéder à l'engagement des dépenses de l'établissement.

Les marchés de travaux, de fournitures et de services sont passés conformément aux dispositions du code des marchés publics applicables aux collectivités territoriales et aux établissements publics locaux. Ils sont transmis au représentant de l'Etat, dans les conditions fixées à l'article L. 421-14.

Toutes les dépenses doivent être liquidées et ordonnancées au cours de l'exercice auquel elles se rattachent.

Les ordres de dépenses, établis par l'ordonnateur dans les conditions prévues à l'article 32 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, sont transmis, accompagnés des pièces justificatives, à l'agent comptable qui les prend en charge et procède à leur règlement.

La liste des pièces justificatives que l'agent comptable peut exiger est celle prévue par l'article D. 1617-19 du code général des collectivités territoriales.

Les fonds de l'établissement sont déposés chez un comptable de la direction générale des finances publiques.

Lorsque les fonds d'un établissement proviennent d'excédents d'exercices antérieurs, de libéralités, du produit de l'aliénation d'un élément du patrimoine ou d'emprunts et d'annuités d'amortissement momentanément inutilisés, ils peuvent être placés en valeurs d'Etat.

Ces placements font l'objet de prévisions ou d'autorisations budgétaires.

Toutefois, les placements en valeurs du Trésor à court terme peuvent être autorisés par décision de l'ordonnateur visée par le directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques chargé, aux termes de l'article R. 421-128, du contrôle de la gestion de l'agent comptable.

Le ministre chargé du budget, le ministre de l'intérieur et le ministre chargé de la mer fixent le plan comptable des établissements ainsi que la présentation de leur compte financier.

A la fin de chaque exercice, l'agent comptable en fonctions prépare le compte financier de l'établissement pour l'exercice écoulé.

Le compte financier comprend :

1° La balance définitive des comptes ;

2° Le développement, par chapitre, des dépenses et des recettes budgétaires ;

3° Le tableau récapitulatif de l'exécution du budget ;

4° Les documents de synthèse comptable ;

5° La balance des comptes des valeurs inactives.

Le compte financier est visé par l'ordonnateur qui certifie que le montant des ordres de dépenses et des ordres de recettes est conforme à ses écritures.

Avant l'expiration du quatrième mois suivant la clôture de l'exercice, le conseil d'administration arrête le compte financier après avoir entendu l'agent comptable.

Le compte financier accompagné éventuellement des observations du conseil d'administration et de celles de l'agent comptable est transmis à la région et au directeur interrégional de la mer, dans les trente jours suivant son adoption.

L'agent comptable produit, selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé du budget, le compte financier et les pièces annexes avant l'expiration du sixième mois suivant la clôture de l'exercice.

Faute de présentation dans le délai prescrit, le représentant de l'Etat peut, sur proposition du directeur interrégional de la mer, désigner d'office un agent chargé de la production des comptes.

Le contrôle de la gestion des agents comptables est assuré par le directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques territorialement compétent.
Les agents comptables sont, en outre, soumis aux vérifications de l'inspection générale des finances et éventuellement des corps de contrôle compétents.

Le représentant de l'Etat, le directeur interrégional de la mer et le conseil régional ont accès, sur leur demande, à l'ensemble des actes et documents relatifs au fonctionnement des lycées professionnels maritimes.