Les lycées professionnels maritimes sont dirigés par un chef d'établissement nommé par arrêté du ministre chargé de la mer.
Le chef d'établissement représente l'Etat au sein de l'établissement. Il est l'organe exécutif de l'établissement.

En qualité d'organe exécutif de l'établissement, le chef d'établissement :

1° Représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;

2° A autorité sur le personnel recruté par l'établissement ;

3° Préside le conseil d'administration, le conseil de perfectionnement et de la formation professionnelle, le conseil de discipline et la commission éducative ;

4° Est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ;

5° Prépare les travaux du conseil d'administration, et notamment, en fonction des orientations relatives à l'équipement et au fonctionnement fixées par la région et dans la limite des ressources dont dispose l'établissement, le projet de budget ;

6° Exécute les délibérations du conseil d'administration, et notamment le budget adopté par le conseil ;

7° Soumet au conseil d'administration les mesures à prendre dans les domaines définis à l'article R. 421-92 et exécute les décisions adoptées par le conseil ;

8° Après accord du conseil d'administration, conclut tout contrat ou convention au nom de l'établissement, et notamment tout contrat relatif aux actions de formation continue ;

9° Transmet les actes de l'établissement dans les conditions fixées aux articles L. 421-11, L. 421-14 et L. 421-20, conformément aux dispositions des articles R. 421-54 et R. 421-55.

En qualité de représentant de l'Etat au sein de l'établissement, le chef d'établissement :

1° A autorité sur l'ensemble des personnels affectés ou mis à disposition de l'établissement ; il désigne à toutes les fonctions au sein de l'établissement ; il fixe le service des personnels ;

2° Veille au bon déroulement des enseignements ainsi que du contrôle continu des aptitudes et des connaissances ;

3° Prend toutes dispositions, en liaison avec les autorités administratives compétentes, pour assurer la sécurité des personnes et des biens, l'hygiène et la salubrité de l'établissement ;

4° Est responsable de l'ordre dans l'établissement. Il veille au respect des droits et des devoirs de tous les membres de la communauté scolaire et assure l'application du règlement intérieur ;

5° Engage les actions disciplinaires et intente les poursuites devant les juridictions compétentes.

A l'égard des élèves, il est tenu, dans les cas suivants, d'engager une procédure disciplinaire, soit dans les conditions prévues à l'article R. 421-85-1, soit en saisissant le conseil de discipline :

a) Lorsque l'élève est l'auteur de violence verbale à l'égard d'un membre du personnel de l'établissement ;

b) Lorsque l'élève commet un acte grave à l'égard d'un membre du personnel ou d'un autre élève.

Il peut prononcer sans saisir le conseil de discipline les sanctions mentionnées à l'article R. 511-14 ainsi que les mesures de prévention, d'accompagnement et les mesures alternatives aux sanctions prévues au règlement intérieur.

Il est tenu de saisir le conseil de discipline lorsqu'un membre du personnel de l'établissement a été victime de violence physique.

Lorsqu'il se prononce seul sur les faits qui ont justifié l'engagement de la procédure disciplinaire, le chef d'établissement informe sans délai l'élève des faits qui lui sont reprochés et du délai dont il dispose pour présenter sa défense oralement ou par écrit ou en se faisant assister par une personne de son choix. Ce délai, fixé par le chef d'établissement, est d'au moins deux jours ouvrables.

Si l'élève est mineur, cette communication est également faite à son représentant légal afin que ce dernier produise ses observations éventuelles. Dans tous les cas, l'élève, son représentant légal et la personne éventuellement chargée de l'assister pour présenter sa défense peuvent prendre connaissance du dossier auprès du chef d'établissement.

En cas de nécessité, le chef d'établissement peut interdire, à titre conservatoire, l'accès de l'établissement à l'élève pendant le délai mentionné au premier alinéa. Cette mesure ne présente pas le caractère d'une sanction.

Le chef d'établissement rend compte de sa gestion au conseil d'administration et en informe le directeur interrégional de la mer et le conseil régional.

En cas de difficultés graves dans le fonctionnement d'un établissement, le chef d'établissement peut prendre toutes dispositions nécessaires pour assurer le bon fonctionnement du service public.
S'il y a urgence, et notamment en cas de menace ou d'action contre l'ordre dans les enceintes et locaux scolaires de l'établissement, le chef d'établissement, sans préjudice des dispositions générales réglementant l'accès aux établissements, peut :
1° Interdire l'accès à ces enceintes ou locaux à toute personne relevant ou non de l'établissement ;
2° Suspendre des enseignements ou autres activités au sein de l'établissement.
Le chef d'établissement informe le conseil d'administration des décisions prises et en rend compte au chef de quartier des affaires maritimes, au maire de la commune siège de l'établissement et au président du conseil régional.

Le chef d'établissement peut être secondé dans ses tâches de gestion matérielle et financière par un agent nommé par le ministre chargé de la mer ou par le directeur interrégional de la mer.
Le chef d'établissement peut déléguer sa signature et une partie de ses attributions.
En cas d'absence ou d'empêchement, le chef d'établissement est suppléé par son adjoint s'il en existe un, notamment pour la présidence du conseil d'administration, du conseil de perfectionnement et de la formation professionnelle et du conseil de discipline. Toutefois, la suppléance n'a pas d'effet sur l'exercice des fonctions d'ordonnateur.
En cas d'absence ou d'empêchement du chef d'établissement, le directeur interrégional de la mer nomme un ordonnateur suppléant.