Port autonome de Paris est administré par un conseil d'administration, qui comprend :
1° Pour moitié : des membres désignés par les collectivités territoriales et par les chambres de commerce et d'industrie de la circonscription du port, ainsi que de représentants du personnel de ce port. Le nombre de représentants des collectivités territoriales est au moins égal au tiers du nombre des membres du conseil d'administration ;
2° Pour moitié : des membres représentant l'Etat et de personnalités choisies parmi les principaux usagers du port ou désignées en raison de leur compétence dans les domaines portuaire, de la navigation, des transports, de l'économie régionale et de l'économie générale.
Les conditions et modalités d'élection et de désignation des membres du conseil d'administration sont déterminées par décret en Conseil d'Etat.

Le conseil d'administration élit un président parmi ses membres.
Le président exerce un contrôle permanent sur l'ensemble de la gestion du port et veille à l'exécution des décisions prises par le conseil.

Le conseil d'administration peut créer en son sein un comité de direction, dans les conditions qu'il fixe, et lui déléguer certaines de ses attributions.

Le conseil d'administration peut être dissous par décret motivé pris en conseil des ministres. Il est, dans ce cas, remplacé provisoirement par une délégation instituée par le même décret et chargée d'expédier les affaires courantes.