Le conseil d'administration comprend, outre son président, vingt-trois membres :
1° Douze représentants de l'Etat, membres de droit :
a) Le directeur général de la police nationale ;
b) Le directeur des affaires criminelles et des grâces ;
c) Le directeur des services judiciaires ;
d) Le directeur central de la police judiciaire ;
e) Le directeur central de la sécurité publique ;
f) Le préfet de police ;
g) Le directeur de l'administration générale et de l'équipement au ministère de la justice ;
h) Le directeur de la recherche au ministère chargé de la recherche ;
i) Le directeur de l'administration de la police nationale ;
j) Le directeur de la formation de la police nationale ;
k) Le directeur des systèmes d'information et de communication du ministère de l'intérieur ;
l) Le directeur de l'évaluation de la performance, et des affaires financières et immobilières du ministère de l'intérieur ;
2° Six personnalités qualifiées, choisies en raison de leur compétence en matière scientifique :
a) Deux sur proposition du garde des sceaux, ministre de la justice ;
b) Deux sur proposition du ministre de l'intérieur ;
c) Une sur proposition du ministre chargé de la recherche ;
d) Une sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
3° Cinq représentants du personnel :
a) Un représentant des directeurs de laboratoire de police scientifique ;
b) Un représentant des personnels actifs de la police nationale en fonction à l'institut ;
c) Un représentant des personnels administratifs et techniques de la police nationale en fonction à l'institut ;
d) Deux représentants des personnels scientifiques de la police nationale en fonction à l'Institut national de police scientifique et issus de laboratoires ou de services différents.
Le président du conseil d'administration est nommé, par décret, sur proposition conjointe du garde des sceaux, ministre de la justice, et du ministre de l'intérieur pour une durée de trois ans renouvelable une fois.

Les membres de droit peuvent se faire représenter.
Les personnalités qualifiées sont nommées par arrêté du ministre de l'intérieur pour une durée de trois ans renouvelable.
Les représentants des personnels sont élus pour une durée de trois ans, selon les modalités fixées par arrêté du ministre de l'intérieur. Ils ont chacun un suppléant élu dans les mêmes conditions.
En cas de vacance survenant plus de six mois avant l'expiration du mandat d'une personnalité qualifiée, il est procédé à son remplacement pour la durée restant à courir de son mandat.

Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour. Il peut également être convoqué, à la demande du ministre de l'intérieur ou de la majorité de ses membres, sur un ordre du jour déterminé.

Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres est présente. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de dix jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre des membres présents.
Les délibérations sont adoptées à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Le directeur de l'établissement, le président du conseil scientifique, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.
Le président peut appeler à participer aux séances, à titre d'expert, toute personne dont il juge la présence utile.

Les fonctions de membre du conseil d'administration ne donnent pas lieu à rémunération. Toutefois, ces fonctions ouvrent droit au remboursement des frais de déplacement et de séjour dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Le conseil d'administration délibère sur :
1° Les orientations générales et scientifiques ainsi que sur les objectifs stratégiques pluriannuels de l'établissement définis dans la convention d'objectifs passée avec l'autorité de tutelle ;
2° Le budget et les décisions modificatives ;
3° Le compte financier, l'affectation des résultats et l'utilisation du fonds de réserve ;
4° Les dons et legs ;
5° Les baux, locations, acquisitions et aliénations d'immeubles ;
6° Les actions en justice et les transactions ;
7° Le rapport annuel sur l'activité et le fonctionnement administratif et financier de l'établissement ;
8° Les règles générales de passation des contrats et marchés ;
9° Les emprunts ;
10° La participation de l'établissement à des groupements d'intérêt public et à des groupements d'intérêt économique ;
11° Les redevances et rémunérations de toute nature perçues par l'établissement.
Le conseil d'administration se prononce en outre sur les questions qui lui sont soumises par son président, le directeur ou le ministre de l'intérieur.
Il adopte le règlement intérieur de l'institut à la majorité absolue de ses membres.

Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées aux alinéas suivants deviennent exécutoires quinze jours après réception de leur procès-verbal par le ministre de l'intérieur, sauf opposition de celui-ci. En cas d'urgence, le ministre de l'intérieur peut autoriser leur exécution immédiate.
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Les délibérations portant sur les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles ne sont exécutoires qu'après approbation par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre de l'intérieur.

Le directeur de l'Institut national de police scientifique est nommé par décret sur proposition du ministre de l'intérieur.
Il prépare et met en œuvre les décisions soumises au conseil d'administration. Il rend compte à chaque séance du conseil d'administration des décisions qu'il a prises en vertu des délégations qui lui ont été accordées. Il prépare, en liaison avec le comité de direction, le règlement intérieur de l'institut. Il est l'ordonnateur des dépenses et des recettes de l'institut. Il représente l'institut en justice et dans tous les actes de la vie civile et administrative. Il peut prendre toutes mesures conservatoires, notamment accepter à titre provisoire les dons et legs consentis à l'institut, sous réserve de leur acceptation définitive par le conseil d'administration.
Le directeur peut, dans l'intervalle des conseils d'administration, après accord du contrôleur budgétaire et notification au ministre de l'intérieur, prendre les décisions modificatives ne comportant pas de variation du montant des recettes ou des dépenses, ni de virement de crédits entre la section de fonctionnement et la section des opérations en capital. Il les soumet pour ratification au conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance.
Le directeur a autorité sur l'ensemble des personnels en fonction ou en formation à l'institut, propose le recrutement des personnels contractuels et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination.
Il prépare les projets de programme de recherche appliquée à la police technique et scientifique avec l'assistance du conseil scientifique. Il établit chaque année un rapport d'activité scientifique, administratif et financier.
Il peut déléguer sa signature au directeur adjoint, aux directeurs de laboratoires, ainsi qu'à tout fonctionnaire en service à l'institut.
Il établit annuellement, sur proposition du comité de direction et après avis du conseil scientifique, la liste des agents habilités à réaliser les missions judiciaires confiées à l'institut et la soumet au conseil d'administration pour approbation.

Le directeur est assisté d'un comité de direction composé des directeurs des laboratoires ou de leur représentant, du directeur adjoint et des chefs de service de l'établissement. Ce comité se réunit au moins chaque trimestre.