L'émetteur de chèques-transport, autre qu'un établissement de crédit, se fait ouvrir un compte bancaire au crédit duquel sont obligatoirement versés, à l'exclusion de tous autres, les fonds qu'il perçoit en contrepartie de la cession de ces chèques.
Le montant de ce compte, égal à la contre-valeur des titres spéciaux de paiement en circulation, garantit le remboursement aux entreprises et régies de transport public ainsi qu'aux détaillants de carburant au détail des chèques-transport valablement émis et utilisés dans les conditions définies aux articles L. 3261-5 à L. 3261-11.
Le compte fait l'objet d'une dotation initiale à hauteur d'un montant qui ne peut être inférieur à 300 000 euros, et son encours devra rester au moins égal à cette somme.

Un émetteur habilité est autorisé à ouvrir plusieurs comptes dans un ou plusieurs établissements de crédit, sous réserve que leur solde cumulé soit à tout moment supérieur au montant minimum. Il peut opérer des virements d'un compte spécifique à l'autre.
Sous la responsabilité de l'émetteur, les sommes portées au crédit des comptes spécifiques de chèques-transport peuvent faire l'objet de placements temporaires sous réserve que leur montant demeure à tout moment immédiatement réalisable à leur valeur nominale initiale.
En cas de falsification, d'altération, de destruction ou de vol lors de l'expédition des chèques-transport, ce compte spécifique de réserve peut être utilisé sous condition de rétablissement de son montant, au plus tard dans les sept jours francs après mobilisation de tout ou partie de celui-ci.

L'émetteur, autre qu'un établissement de crédit, fait appel à un expert-comptable inscrit au tableau de l'ordre et chargé de constater, au moins une fois par an, les opérations accomplies par cet émetteur.
Les constatations de cet expert-comptable sont consignées dans un rapport que l'émetteur tient à la disposition de tout agent de contrôle.

L'émetteur, autre qu'un établissement de crédit, tient une comptabilité appropriée permettant :
1° La vérification permanente de l'encours du compte et de la liquidité de la contre-valeur des chèques-transport en circulation ;
2° Le contrôle permanent et la justification comptable de tous les flux financiers, à partir de l'émission jusqu'au remboursement des chèques-transport.

Les émetteurs habilités conservent les informations relatives aux chèques-transport pendant une période de dix ans au-delà de l'année en cours et restituent les informations synthétiques à la demande des employeurs en vue, notamment, d'une information et du contrôle de l'administration fiscale et sociale ou de l'Agence centrale des organismes de sécurité sociale. Passé ce délai, il pourra être procédé à la destruction de ces informations.

Avant le 31 mars de chaque année, l'émetteur habilité transmet à l'Agence nationale des services à la personne :
1° Un rapport d'activité portant sur l'année écoulée et indiquant ses perspectives d'activité pour l'année en cours ;
2° Un rapport portant sur l'année écoulée et relatif à la sécurité des différents processus de traitement des chèques-transport émis par lui qui prend la forme de la réponse à un questionnaire fourni par la Banque de France, à laquelle il est également transmis dans les mêmes délais.

Les émetteurs de chèques-transport notifient à l'Agence centrale des organismes de sécurité sociale semestriellement et, au plus tard dans les deux mois suivant la fin du semestre civil, le montant total des chèques émis.
Sur demande de cette agence, ils lui communiquent le montant des chèques émis par entreprise ou toutes autres données statistiques nécessaires à l'exercice de sa mission.

Les chèques-transport ne peuvent être utilisés que par les salariés bénéficiaires en paiement d'un titre de transport collectif ou de carburant en cas d'utilisation d'un mode de transport individuel dans les conditions prévues à l'article L. 3261-6.

A l'acceptation en paiement, les entreprises de transport public et les régies mentionnées à l'article 7 de la loi n° 82-1153 du 30 décembre 1982 d'orientation des transports intérieurs, ainsi que les distributeurs de carburant au détail, vérifient la qualité de bénéficiaire légitime de l'utilisateur du chèque-transport, le délai de validité de ce titre spécial de paiement et son usage conforme à la mention transports collectifs » ou carburant ».

A la commande ou au plus tard à la livraison, l'employeur qui finance en tout ou partie un chèque-transport règle à l'émetteur la contre-valeur des titres spéciaux de paiement commandés afin que celui-ci constitue dans le compte spécial mentionné à l'article D. 3261-17 les provisions nécessaires pour en garantir le remboursement. L'émetteur est réputé disposer d'un mandat de gestion de ces fonds, dont il n'est pas propriétaire. Cependant, les intérêts de trésorerie produits par le compte spécial lui restent acquis.