L'autorisation de transit peut être modifiée, suspendue, abrogée ou retirée par le Premier ministre, après avis des ministères représentés de façon permanente à la commission interministérielle instituée par le décret du 16 juillet 1955 susvisé, du ministère chargé des douanes et du ministère de l'intérieur, pour l'un des motifs mentionnés au IV de l'article L. 2335-1 et à l'article L. 2335-4 du code de la défense.
En cas d'urgence, le Premier ministre peut suspendre l'autorisation de transit sans délai.
La modification, l'abrogation ou le retrait de l'autorisation de transit ne peut intervenir qu'après que son titulaire a été mis à même de faire valoir ses observations, dans un délai de quinze jours, selon les modalités prévues à l'article 24 de la loi du 12 avril 2000 susvisée.
La décision portant suspension, modification, abrogation ou retrait de l'autorisation de transit est notifiée à son titulaire par le ministre chargé des douanes.