Le conseil d'administration nomme la commission permanente prévue à l'article 15 du décret du 31 octobre 1961. Elle comprend six membres :

Deux représentants des ministres ;

Deux représentants des collectivités locales, dont le maire d'Hyères ;

Deux des personnalités désignées par le ministre chargé de la protection de la nature et de l'environnement.

La commission élit un président ; son élection est soumise à l'approbation du ministre chargé de la protection de la nature et de l'environnement.

En cas de partage, la voix du président de séance est prépondérante.

Le directeur de l'établissement et le membre du corps du contrôle général économique et financier assistent aux séances de la commission permanente, avec voix consultative.