En application de l'article L. 221-2 du code rural et de la pêche maritime susvisé, les indemnités de l'Etat prévues pour compenser les pertes consécutives à l'élimination des animaux dans les conditions prévues à l'article 3 doivent être versées au propriétaire des animaux.

Dans le cas où le détenteur des animaux n'en est pas le propriétaire, il ne peut pas prétendre au bénéfice des indemnités, sauf s'il fournit au directeur départemental des services vétérinaires une décharge écrite, à son profit, signée par le propriétaire et certifiée conforme par le maire de la commune. Lorsqu'un litige survient en ce qui concerne la propriété des animaux éliminés, les indemnités correspondantes doivent être consignées auprès de la Caisse des dépôts et consignations jusqu'au règlement amiable ou judiciaire de ce litige.

En ce qui concerne les cheptels constitués à la fois d'animaux loués et d'animaux entretenus en pleine propriété de l'éleveur, les indemnités d'abattage sont versées aux différents ayants droit pour les seuls animaux leur appartenant, sur présentation au directeur des services vétérinaires de pièces justificatives authentifiant leur propriété.