Les informations nécessaires à l'établissement du système national d'information inter-régimes de l'assurance maladie sont transmises par les organismes gérant un régime de base d'assurance maladie et, pour ce qui concerne les informations relatives à l'activité hospitalière, par la direction générale de l'offre de soins chargé de la santé et de l'assurance maladie.
Ces informations, détaillées à l'annexe 1 du protocole, concernent :
-l'identification des organismes de prise en charge ;
-les caractéristiques des décomptes de remboursement ;
-les numéros d'anonymat de l'assuré et du bénéficiaire, le sexe, l'année et le mois de naissance, le cas échéant, la date de décès, le département et la commune de résidence ;
-les informations relatives aux prestations servies :
-nature détaillée des actes, biens et services présentés au remboursement ;
-dates de soins et de remboursement ;
-mode de prise en charge ;
-informations médico-administratives (notamment le numéro d'affection de longue durée au sens de l'article D. 322-1 du code de la sécurité sociale, le numéro de maladie professionnelle, les codes de pathologie suivant la codification internationale des maladies en vigueur, les dates de grossesse, le numéro de dent) ;

-les informations relatives au parcours de soins ;
-montant, cotation et coefficient de la prestation ;
-le numéro d'identification du professionnel et, le cas échéant, de l'établissement de rattachement, le sexe, la date de naissance, la spécialité médicale, la nature d'exercice, le statut conventionnel, la caisse de rattachement, département et commune d'établissement ;
-les informations relatives à l'activité des établissements de santé : résumés de sorties anonymes établis dans le cadre du programme de médicalisation des systèmes d'information au sens de l'article L. 6113-7 du code de la santé publique, et les informations de séjour pour les établissements financés par dotation globale ;
-les données comptables.
Les données individuelles concernant les bénéficiaires sont conservées pendant deux ans au-delà de l'année en cours, excepté lors de constitution d'échantillons.

Un échantillon généraliste de ces données représentatif des personnes protégées des régimes est constitué afin d'assurer le suivi de la consommation de soins et des taux de recours aux soins.

Sa durée de conservation est de vingt ans au-delà de l'année en cours.

D'autres échantillons de ces données peuvent être réalisés, conformément aux dispositions du chapitre X de la loi du 6 janvier 1978 susvisée. Ils sont soumis à l'approbation préalable du conseil d'administration de l'Institut des données de santé excepté lorsqu'ils sont réalisés pour le compte d'organismes d'assurance maladie obligatoires ou lorsqu'ils ont déjà fait l'objet d'un avis du Conseil national de l'information statistique.