La Commission nationale se réunit au moins une fois par an sur convocation du ministre chargé de l'agriculture.

L'ordre du jour de la Commission nationale et de ses groupes de travail est fixé par le ministre soit de sa propre initiative, soit sur proposition de membres de la commission. Sauf cas d'urgence, il est adressé à tous les membres quinze jours au moins avant la date de la réunion.

Les rapporteurs sont désignés par le ministre. Ils peuvent être choisis en dehors de la commission.