Sur la base du projet partagé prévu à l'article L. 718-2, un seul contrat pluriannuel d'établissement mentionné à l'article L. 711-1 est conclu entre le ministre chargé de l'enseignement supérieur et les établissements regroupés relevant de sa seule tutelle. Les établissements relevant d'autres autorités de tutelle et ces autorités peuvent être parties à ce contrat. Les contrats pluriannuels sont préalablement soumis au vote pour avis aux conseils d'administration de chaque établissement regroupé ou en voie de regroupement.

Un seul contrat est également conclu entre le ministre chargé de l'enseignement supérieur et les établissements d'un même territoire relevant de sa seule tutelle qui n'ont pas encore procédé à la fusion ou au regroupement mentionnés à l'article L. 718-3. Le contrat prévoit les différentes étapes de la fusion ou du regroupement, qui doivent intervenir avant son échéance. Les établissements relevant d'autres autorités de tutelle et ces autorités peuvent être parties à ce contrat.

Ces contrats comportent, d'une part, un volet commun correspondant au projet partagé mentionné à l'article L. 718-2 et aux compétences partagées ou transférées et, d'autre part, des volets spécifiques à chacun des établissements regroupés ou en voie de regroupement. Ces volets spécifiques sont proposés par les établissements et doivent être adoptés par leur propre conseil d'administration. Ils ne sont pas soumis à délibération du conseil d'administration de la communauté d'universités et établissements ou de l'établissement auquel ils sont associés.

Ces contrats pluriannuels associent la ou les régions et les autres collectivités territoriales accueillant des sites universitaires ou des établissements de recherche, les organismes de recherche et le centre régional des œuvres universitaires et scolaires. Ils prennent en compte les orientations fixées par les schémas régionaux prévus à l'article L. 214-2 et les orientations fixées par les schémas de développement universitaire ou les schémas d'enseignement supérieur et de recherche définis par les communes, les établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre, les pôles métropolitains et les départements.

Les stratégies en matière d'enseignement supérieur et de recherche poursuivies, sur un territoire donné, par les collectivités territoriales accueillant des sites universitaires ou des établissements de recherche et leurs groupements et les contrats pluriannuels d'établissement font l'objet d'un document d'orientation unique.

L'Etat peut attribuer, pour l'ensemble des établissements regroupés, des moyens en crédits et en emplois aux établissements chargés de la coordination territoriale, qui les répartissent entre leurs membres ou établissements et organismes associés.