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Le différend qui peut s'élever, à l'occasion des périodes d'embarquement, entre l'employeur et le marin est porté devant le juge judiciaire. Sauf en ce qui concerne le capitaine, cette instance est précédée d'une tentative de conciliation devant l'autorité compétente de l'Etat.

Sous réserve des dispositions de l'article L. 3245-1 du code du travail, les actions ayant trait aux différends liés à l'embarquement se prescrivent par un an après la fin du voyage.